با تدوین فصل اول و برنامه زمان بندی کار پژوهش، تدوین فصل دوم آغاز می شود.
اگرچه فعالیتهای این فصل از مدتها قبل، از طریق جست و جوی منابع و مآخذ شروع شده ولی اکنون باید مطالب و مباحث مورد نیاز فصل، سازماندهی و بتدریج نگارش شود.
این نگارش، خود واجد اصول و اسلوبی است که تحت عنوان اصول نگارش به آن پرداخته شد، اما علاوه بر رعایت نکات نگارشی، فصل دوم ساختار خاص خودرا دارد که نیازمند توجه است.
فصل دوم مبین بصیرت و درایت پژوهشگر در انتخاب مطالب، سازماندهی و نگارش آن است.
از این رو، مهمترین اقدام قبل از ورود به فصل، تدوین فهرست مطالب آن است.
این فهرست دربردارنده مباحث اصلی و نیز فرعی خواهد بود که بیشترین تناسب را با ماهیت موضوع، متغیریا متغیرهای پژوهش خواهد داشت.
پیشنهاد می شود، درباره فهرست و سازماندهی مطالب فصل قبل از تدوین و نگارشی، با استاد راهنما مشورت شود.
پژوهشگر در این فصل، ضمن توجه به انتظام و سازماندهی درست مطالب، در استناد دهی دقت لازم را نموده است.
بر این نکته مجدد باید تأکید نمود که اصالت یک نوشتار به نظام ارجاع دهی آن وابسته است، این اقدام، اگرچه کاری پرزحمت بوده ودقت خاص را میطلبد، لیکن هویت و اصالت فرایند پژوهش علمی و نویسی و یا هر اثر تألیفی را مدلل و با ارزش میسازد.
این نکته را باید یادآوری نمود که هر اثر و نوشتهای از آثار و نوشته دیگران پدید میآید با این تفاوت که در این سیر پژوهشی ها و نگارش ها، نکتهای بر نکتهای افزوده می شود و بتدریج علم توسعه می یابد.
در نتیجه، هر مؤلف یا مصنفی باید با استناد دهی و مأخذ دهی دقیق، خود را امانتدار نظرات و دیدگاه های دیگران بداند و از یافته های دیگران با استناد به آن ها، در جهت گشودن افقهای جدید علمی بکوشد.